پایتخت ۶ با فوت بابا پنجعلی آغاز می گردد و روح پنجعلی در سریال حضور دارد و اعضای بدن او اهدا می گردد. بهبود فریبا پس از سال ها به ایران باز می گردد. بهتاش که در فصل ۵ بیکار و آس و پاس بود حالا دروازه بان تیم فوتبال نساجی مازندران شده است…